ADN
ORDONNANCEMENT
Fond
le
but de l'ordonnancement est de déterminer la
commande des nucléotides d'un gène.
Cette commande est la clé à la compréhension
du génome humain. Frederick Sanger a été
accrédité la première fois avec
l'invention de l'cAdn ordonnançant des techniques.
Sanger
approchez les brins copiants impliqués d'cAdn
qui montreraient à l'emplacement des nucléotides
dans les brins cependant l'utilisation des machines
de rayon X. Cette technique est très lente
et pénible, habituellement prenant à
beaucoup d'années à l'ordre seulement
quelques million de lettres dans une chaîne
de caractères de l'cAdn qui contiennent souvent
des centaines de millions ou même milliards
de lettres. Les techniques modernes se servent des
étiquettes fluorescentes au lieu des rayons
X. Ceci a réduit de manière significative
le temps requis pour traiter une série donnée
d'cAdn
En
1991, travailler avec le lauréat Hamilton Smith,
le projet de recherche genomic de Venter (TIGR) Nobel
a créé nouveau ' shotgunning inventé
par processus d' ordonnancement gras.' D'or et Lemonick
(2000) décrivez ' shotgunning ':
"
en utilisant un mélangeur ordinaire de cuisine,
ils briseraient l'cAdn de l'organization dans des
millions de petits fragments, les exécuter
par les compteurs séquentiels (qui peuvent
indiquer 500 lettres à la fois), puis pour
les rassembler dans de pleins génomes en utilisant
un logiciel à grande vitesse d'ordinateur et
de roman écrit par le whiz interne Granger
Sutton d'ordinateur "
Ceci
la nouvelle méthode utilise non seulement les
machines automatisées rapides superbes, mais
également le procédé fluorescent
de détection et le procédé copiant
d'cAdn de PCR. Cette méthode est très
rapide et précise comparée à
des techniques plus anciennes.
Comment
L'Ordonnancement D'cAdn Est fait
ADN
l'ordonnancement est une technique d'nucléotide-ordonnancement
complexe comprenant trois étapes identifiables:
·
Réaction en chaîne De Polymérase
(Pcr)
· ordonnançant la réaction
électrophorèse de gel de · et
traitement par ordinateur
Chromosomes,
quel intervalle dans la taille de 50 million à
250 millions de bases, nécessité d'abord
soit cassé en morceaux beaucoup plus courts
(étape de PCR)
Chacun
le morceau court est employé comme descripteur
pour produire d'un ensemble de fragments qui diffèrent
dans la longueur de l'un l'autre par une base simple
qui sera indentified dans une étape postérieure
(la préparation de descripteur et ordonnancement
des étapes de réaction)
des
fragments dans un positionnement sont séparés
par l'électrophorèse de gel (étape
de séparation).
Les nouveaux colorants fluorescents permettent la
séparation de chacun des quatre fragments dans
une ruelle simple sur le gel.
-
séparation des molécules avec l'électrophorèse-
Image
reproduit avec la permission dehttp://allserv.rug.ac.be/~avierstr/principles/seq.html
la
base finale à l'extrémité de
chaque fragment est identifiée (base-appelant
l'étape). Ce processus recrée l'ordre
initial de comme, les solides totaux, le Cs, et le
Gs pour chaque morceau court produit dans la première
étape
Les
limites actuelles d'électrophorèse sont
environ 500 à 700 bases ordonnancées
par lu. Les compteurs séquentiels automatisés
analysent les électrophérogrammes résultants
et la sortie est un chromatogramme de quatre-couleur
montrant les crêtes qui représentent
chacune des 4 bases d'cAdn.
Les
fragments fluorescently étiquetés qui
passent cuvette le gel, passent un rayon laser au
bas du gel. Les exites de laser la molécule
fluorescente, qui envoie la lumière d'une couleur
distincte. Que la lumière est rassemblée
et focalisée par des objectifs dans un spectrographe.
Basé sur la longueur d'onde, le spectrographe
sépare la lumière à travers un
appareil-photo de CCD (dispositif couplé par
charge). Chaque base a sa propre couleur, ainsi le
compteur séquentiel peut détecter la
commande des bases dans le gène ordonnancé.
-
système de lecture et de détection sur
le compteur séquentiel du prisme 377 d'cAbi-
Image
reproduit avec la permission dehttp://allserv.rug.ac.be/~avierstr/principles/seq.html
Ensuite
les bases " sont lues, " des ordinateurs
sont utilisées pour assembler les ordres courts
(dans blocs d'environ 500 bases chacun, appelés
la longueur relevée) dans les longs bouts droits
continus qui sont analysés des erreurs, des
régions de gène-codage, et d'autres
caractéristiques.
-A
instantané de la détection des molécules
sur le compteur séquentiel-
Image
reproduit avec la permission dehttp://allserv.rug.ac.be/~avierstr/principles/seq.html
