Nach dem heutigen erarbeiteten Stand der Informationen besteht der Hügel Hisarlik aus 10 Schichten, und auf jeder dieser Schichten stand zu der jeweils betreffenden Epoche ein anderes Troja.

Schicht	Jahr	Beschreibung
Troja I	2920 - 2400 v. Chr.	Das erste Troja in der Bronzezeit war das kleinste und bestand lediglich aus einem Dorf mit befestigter Mauer.
Troja II	2600 - 2400 v. Chr.	Die Stadt Troja II war bereits ein Königssitz und schloss eine Fläche von rund 9000 Quadratmetern ein. Die Bauten waren schon prächtig gestaltet und aus dieser Stadt stammen die meisten kostbaren archäologischen Funde.
Troja III	2390 - 2200 v. Chr.	Von Troja III sind kaum Reste erhalten, doch war es schon grösser als Troja II.
Troja IV	2200 - 2000 v. Chr.	Näheres ist über Troja IV, genau wie über Troja III, nicht bekannt. Lediglich in der Größe muß es Troja III übertroffen haben.
Troja V	2000 - 1870 v. Chr.	Auch hier ist über das allmähliche Wachstum der Stadt hinaus nichts wesentliches bekannt.
Troja VI	1700 - 1250 v. Chr.	Troja VI ist die wichtigste Stadt der Schichten. Als einzige kann sie der Schauplatz für die Sage „Ilias“ gewesen sein und war die am weitesten entwickelte Stadt. Sie wurde zerstört, aber es ist immer noch fraglich, ob durch einen Krieg oder beispielsweise ein Feuer.
Troja VII	1250 - 1020 v. Chr.	Troja VI wurde nach seiner Zerstörung wieder aufgebaut, aber die vorherige Pracht kehrte nicht wieder.
Troja VIII (Ilion)	800 - 85 v. Chr.	Troja VIII wurde von griechischen Siedlern gegründet und trug den Namen „Ilion“.
Troja IX (Ilium)	85 v. Chr. - 500 n. Chr.	Nachdem Troja VIII (Ilion) durch die Römer erobert wurde, war es ein Ort der Helden- und Götterverehrung.
Hisarlik	Heute	Von Troja ist auf Hisarlik nichts mehr erkenntlich geblieben, weshalb Hisarlik auch erst durch Frank Calvert im 19. Jahrhundert untersucht wurde. Von der Ruinen der Stadt sind nur noch zerfallene Mauern unter der Erde zu finden, die heute bei den Ausgrabungen großenteils offenliegen.