Im Bürgerkrieg 52 vor Chr. wurde Pompeius
entgegen der üblichen Gepflogenheit zum alleinigen Konsul
(sine collega, lateinisch: ohne Amtskollegen) mit
aussergewöhnlichen Vollmachten gewählt. Dies war durch
die Ausnahmesituation notwendig geworden, in die der römische
Staat durch die Unruhen des Clodius geraten war. Clodius
beherrschte mit bewaffneten Banden, die er als Volkstribun
gegründet hatte die Stadt Rom. Zu seiner Zeit herrschte ein
anarchistisches und terroristisches Klima in Rom.
Während Caesar durch den Krieg in Gallien
festgehalten wurde hatten seine politischen Gegner bereits im
vorausgehenden Jahr offen versucht, ihn von dort abberufen zu
lassen und in Rom vor Gericht zu stellen. Pompeius versuchte die
günstigen Umstände auszunutzen, um seinen Rivalen
auszuschalten und sich die Alleinherrschaft zu sichern, und
näherte sich zu diesem Zweck politisch der Senatspartei an.
Schließlich beschloss der Senat die Absetzung Caesars,
nachdem man ihn vergebens aufgefordert hatte, sein Heer zu
entlassen. Daneben stattete er Pompeius mit unbeschränkten
Vollmachten aus, um den Kampf gegen Caesar aufzunehmen.
Der Bürgerkrieg begann, als Caesar Anfang des
Jahres 49 vor Chr. - der Überlieferung zufolge mit den Worten:
"Alea iacta est" ("Der Würfel ist geworfen") - den Rubikon
überschritt, einen kleinen Grenzfluss, der seine Provinz
Gallia Cisalpina von Italien trennte. Innerhalb von drei Monaten
hatte er die Kontrolle über ganz Italien erlangt, gewann
danach die beiden spanischen Provinzen, den eigentlichen
Rückhalt des Pompeius, und schließlich nach
halbjähriger Belagerung die Hafenstadt Massilia (Marseille).
Inzwischen war Caesar in Rom zum Diktator ernannt worden, übte
das Amt jedoch nur wenige Tage aus und wurde für das Jahr 48
vor Chr. zum Konsul gewählt. Anfang dieses Jahres verfolgte er
Pompeius nach Griechenland und besiegte ihn endgültig in der
Schlacht bei Pharsalos. Pompeius selbst entkam nach Ägypten,
wo er jedoch ermordet wurde, noch bevor Caesar ihn dort eingeholt
hatte.
Caesar besetzte Alexandria und entschied den
ägyptischen Thronstreit zugunsten Kleopatras, der Tochter des
verstorbenen Königs Ptolemaios XI., die ihm später einen
Sohn (Caesarion) schenkte. 47 vor Chr. unterwarf er Kleinasien und
kehrte als Diktator nach Rom zurück. Seinen entscheidenden
Sieg über die Anhänger des Pompeius, die seit 48 vor Chr.
ihre Streitkräfte in der Provinz Afrika zusammengezogen
hatten, errang er 46 vor Chr. in der Schlacht bei Thapsus. Danach
kehrte er nach Rom zurück, wo er mehrere Triumphzüge
feierte und weitere Ehrungen erhielt. Nachdem er im Jahr 45 vor
Chr. die Söhne des Pompeius bei Munda in Spanien besiegt hatte
war er unumschränkter Alleinherrscher.