La historia de Galápagos, a pesar de ser muy corta por las islas haber permanecido por siglos deshabitadas, ha sido intensa y larga de relatar, pues es llena de tragedias, intensos dramas humanos, amores tormentosos, leyendas y fracasos, todos ellos matizados de odios y venganzas y, las más de las veces, salpicados de sangre. Parece ser que la distancia de otros centros poblados, lo agreste del paisaje, la angustia por el aislamiento, la impotencia ante lo inalcanzable, exasperan al hombre y trastornan su espíritu, convirtiéndolo en una fiera salvaje que arremete con todo lo que esta a su derredor. Esta tónica de quienes ha poblado las islas; por fin, en la actualidad, con la incorporación a la vida nacional va tornándose normal.

Aun cuando las islas ya habían sido descubiertas por Fray Tomás de Berlanga en 1535, como veremos a continuación, cronológicamente la primera referencia de su existencia la hacen 50 años más tarde dos cronistas españoles: Miguel Cabello de Balboa y Pedro Sarmiento de Gamboa, quienes vivieron en la segunda mitad del siglo XVI.

Fray Tomás de Berlanga, de la orden Dominicana, obispo de lo que hoy es Panamá, partió hacia el Perú en comisión especial, enviado por la corona Española, el 23 de febrero de 1535. Debido a la súbita presencia de las "calmas ecuatoriales", la nave quedó a merced de las corrientes marinas que la arrastraron hacia el Occidente, llegando a Galápagos el 10 de marzo del año indicado.

Después de Berlanga, otro español menciona las Islas y este es el capitán don Diego de Ribadenerira, quién huyendo desde el Perú hacia México y quién alejándose de la ruta marina para no encontrarse con sus enemigos, fue a darse en Galápagos en abril de 1546. Sin desembarcar por temor a ser sorprendidos y, por tanto, sin agua prosiguieron su viaje y sustentados basándose en pesca únicamente llegaron a "San José de Istapa, en Guatemala".

Algunos barcos parece que tuvieron la suerte de Fray Tomás de Berlanga, es decir, fueron arrebatados por la corriente de Humboldt y llevados al Archipiélago. El hecho de presentarse súbitamente, muchas de ellas envueltas en niebla, con paisajes tan agrestes y yermos, hicieron que se hable de las Galápagos como las "Islas Encantadas", como se encuentran en algunos mapas.

El siguiente siglo podría denominarse "El siglo de los Piratas", pues desde 1593 en que llega Richard Hawkins, hasta el asalto de Woodes Rogers en 1709, los mares sudamericanos se vieron plagados de corsarios y piratas, quienes hicieron del Archipiélago su centro de actividades, pues además de ser un escondite favorito, en ellas se reunían para carenar sus barcos, restañar sus heridas, repartir sus botines, planear nuevos asaltos y, sobre todo, para proveerse de agua, leña, aceite de tortuga y carne de este animal para sus largos viajes.

Durante el siglo XVIII las islas quedan totalmente abandonadas, hasta el año 1793, en el cual los armadores ingleses destacan una expedición al mando del Capitán James Colnett con la finalidad de estudiar algunos lugares donde pudieran recalar los barcos balleneros, pues en esta época comenzaba a tomar auge la industria de la explotación de estos cetáceos.

También de esta época datan lo célebres filibusteros, el Comodoro William Brown, irlandés, y el Capitán Hipólito Bouchard, francés, quienes hicieron efectivamente escala en Galápagos para repartirse el botín antes de separarse definitivamente en 1816.

El Archipiélago de Galápagos, por hallarse comprendido dentro de la línea establecida por el tratado de Tordesillas entre España y Portugal, a raíz de la bula de Alejandro VI del 4 mayo de 1493, pertenecía a la Corona Española.

Proclamada la independencia del Ecuador en 1822, las islas quedaron como territorio Nulius. Al disolverse la Gran Colombia en 1830, el Ecuador tomo posesión de las islas el 12 de febrero de 1832, denominándolo Archipiélago del Ecuador, soberanía que reconoció España en el tratado de Paz, firmado en Madrid, el 16 de febrero de 1840, incorporado el Archipiélago a la República del Ecuador, en 1832, el General José Villamil fue nombrado Gobernador General del Archipiélago.

El 29 de mayo de 1861 García Moreno, Presidente de la República del Ecuador, la declara provincia, con su capital, la Isla Floreana, en 1885 se dicta la Ley de Régimen del Archipiélago y se crea la Jefatura Territorial, con dependencia de la provincia del Guayas.

Posteriormente en 1928, queda como territorio encargado al Departamento de la Marina del Ministerio de Defensa Nacional.

El 21 de septiembre de 1942, el Congreso ecuatoriano expedía un proyecto de Decreto, mediante el cual se elevaba a Galápagos a la categoría de Provincia. El proyecto no prosperó, porque precisamente el mismo día los "Estados Unidos habían adquirido derechos militares" sobre las Islas, por la política del "buen vecino" y aliado de la guerra en defensa de la democracia, el Ecuador cedió las dos islas, Seymour y Baltra, para bases militares y prácticamente control del resto del Archipiélago.