De snelle groei bracht grote problemen mee: reeds voor 1800 ontstond de eerste krottenwijk. Vooral door het wegtrekken van de middenklasse en het toenemen van de gekleurde bevolking is het aandeel Newyorkers met een inkomen beneden het nationale gemiddelde gestegen. Ongeveer 1 miljoen Newyorkers leeft van de bijstand (welfare). Een ten minste even groot aantal is werkloos. In de krottenwijken (poverty areas) bedraagt het werklozenpercentage vaak ca. 50% of meer. Om de sociale voorzieningen te kunnen betalen zijn de belastingen in New York zeer zwaar. Het gevolg hiervan is dat de stad balanceert op de rand van een faillissement.
Het bestuurssysteem binnen de agglomeratie New York is zeer gecompliceerd en in geen enkel aspect geheel doelmatig. Een groot probleem is dat er nauwelijks enige coördinatie tussen de verschillende hoge en lagere bestuursorganen bestaat. De precieze taak van de besturen van gemeente, district en staat verschilt van staat tot staat; zo is in New York het district belangrijker dan in New Jersey.
Naast het bestuur vormen het vervoer en het verkeer een zeer essentieel probleem van de agglomeratie New York. Kolossale verkeersstromen, vnl. het gevolg van de afstand tussen woon- en werklocatie van de bevolking, moeten dagelijks worden verwerkt. Het verkeer veroorzaakt een groot deel van de luchtverontreiniging in de stad.