In verband met deze functies en de daarbij komende mogelijkheden voor de recreatie is het van groot belang dat de kwaliteit van dhet water in het Volkerak en Zoommeer hoog zal zijn. Dat is niet eenvoudig. Op twee plaatsen zou ongewenst, zout water binnen kunnen dringen: via de Kreekraksluizen in de Philipsdam. Deze scheidt de Oosterschelde in open verbinding met de zee blijft, zou ook daar zout water via de sluizen kunnen binnenkomen. Daarom heeft men een ingenieus systeem uitgedacht om het zoete en zoute water in de sluiscomplexen blijvens uit elkaar te houden, ook als er wordt geschut. Om te zorgen dat de meren water van aanvaardbare kwaliteit blijven behouden, en om in geval van ernstige vervuiling op te kunnen treden, is een spoelsysteem ontworpen. Het wekt van noord naar zuid: van ;het hoger gelegen Hollands Diep naar de Westerschelde, die bij eb relatiev laag ligt.Tussen het Zoommeer en de Westerschelde is een kanaal gegraven met een zeer grote capaciteit. . Het is 140 meter breed en 7 meter diep. Zodoende kan per dag 8,5 miljoen m3 water aan de meren onttrokken worden, waardoor het peil lager komt te staan en vanuit het Hollands Diep schoner water naar binnen kan stromen. Het betreffende kanaal wordt Spuikanaal genoemd, het heeft een capaciteit van van 100 m3 per seconde: de sluis naar de Westerschelde ligt bij Bath. Normaal gesproken stroomt het water van het Hollands Deip hetzij door de Haringvlietsluizen, hetzij door de Nieuwe Waterweg, als er minder water is en er extra capaciteit nodig is om de zoutwinning in die Nieuwe Waterweg terug te dringen. Dit kan tot een ongewenste situatie leiden. Als de waterkwaliteit in de Krammer en het Zoommeer slecht is en doorspoeling gewenst blijkt, maar de aanvoer uit het Hollands Diep is gering, dan staat men voor een dilemma. Of de meren aan hun lot overlaten, wat de landbouw in Brabant kan schaden, of water uit het Hollands Diep binnenlaten, wat voor verzilting ronde Nieuwe Waterweg kan zorgen en met namen de tuinders in het Westland in moeilijkheden brengt. Tussen de Schelde-Rijn verbinding en Bergen op Zoom ligt het Markiezaatsmeer. In 1530 zorgde de Sint-Elizabethsvloed ervoor dat dit gebied als naam kreeg ‘Verdronken land van het Markiezaat van Bergen op Zoom’. Lange tijd was het een getrijdengebied waar Noordzee en Schelde elkaar ontmoettten. Toen in 1868 het Kreekrak werd afgesloten ging het Markiezaat deel uitmaken van de Oosterschelde; zout, met wisseld tij. Door het aanleggen van de Oesterdam en een dijk ten oosten van de Schelde-Rijn verbinding ontstond een meer dat na enkele jaren zoet zal zijn. Er kan zicht daar een zoetwatermoeras gaan voermen; volgens het Wereld Natuurfonds leent dit reservoer grenzend aan zout water, zicht bij uitstek voor ontwikkeling tot een duurzaam, bloeiend natuurgebied