Wiele osiągnięć kultury antycznej, w tym atomistyki, zostało przeniesionych do państw arabskich.

Mutakallimunowie - "ludzie słowa", grupa filozoficzno-religijna działająca w krajach islamu między IX, a XI wiekiem starała się w racjonalny sposób tłumaczyć religię. Opierała się na atomistyce, która, jak uważali wyznawcy, najlepiej ze wszystkich nauk dawała się pogodzić z Koranem. Atomy miały być składnikami wszystkich substancji. Przy boskiej pomocy atomy mogły się łączyć tworząc nową substancję. Były jednorodne, różniły się tylko własnościami przypadkowymi. Wpływały na cechy gatunkowe zbudowanych z nich przedmiotów. Mutakallimunowie byli zwolennikami determinizmu - świat miał być uzależniony od atomów i od Opatrzności - woli boskiej, przyczyny powodującej ruch atomów i nadającej im własności. W takim razie życie człowieka (złożonego z atomów) również podlegało bożej woli.

    W Europie natomiast powstała i rozwijała się szkoła w Chartres - instytucja mająca służyć rozwojowi nauk nieteologicznych. Studiowano tu starożytne dzieła filozoficzne dużo uwagi poświęcając również atomistyce Demokryta.

Wilhelm z Conches (1080 - 1145 A.D.), wybitny teoretyk tej szkoły zgodził się z Demokrytem, że świat złożony był z prostych, niepodzielnych, nieuchwytnych rozumowo cząsteczek, które można poznać jedynie na drodze umysłowej.

Mikołaj z Autrecourt (1300 - po 1350), twierdził że wszystkie istniejące atomy są niezniszczalne i wchodzą w skład każdej substancji (również światła). Wszechświat jako powodowany tylko jednym prawem (prawem atomów) stanowił doskonałość.

    Średniowiecze nie przyniosło żadnej doniosłej przemiany w pojmowaniu budowy świata. Dzieła starożytnych atomistów nie były często czytane . Nie starano się ich rozwinąć. Większość umysłów tamtej epoki, zarówno w Europie, jak i w krajach islamu, była zajęta rozważaniami teologicznymi, a nauka opierała się na religii (również atomistyka, jak miało to miejsce u Mutakallimunów. Zdarzało się nawet, że oświeceni ludzie, tacy jak Wilhelm z Conches, byli uznawani za heretyków. Jednak już wkrótce miał się dokonać przełom. Nadchodziły czasy wielkich fizyków, którzy mieli zmienić obraz świata - zapoczątkować naukę nowożytną.