"(...) Bóg na pocz±tku uformowa³ materiê w postaci twardych,
masywnych, nieprzenikliwych, ruchomych cz±stek. (...)
I te pierwotne cz±stki s± cia³ami (...) tak twardymi,
¿e nigdy nie ulegaj± zu¿yciu ani nie rozpadaj± siê (...)"
Isaak Newton

Leonardo da Vinci ¿yj±cy w latach 1452-1518 jako pierwszy stara³ siê dziêki do¶wiadczeniom lepiej zrozumie w³a¶ciwo¶ci materii - zjawisko tarcia, przemiany wody w lód itp.

Galileusz Galileo Galilei, ¿yj±cy w latach 1564-1642 to naukowiec, który stworzy³ podstawy eksperymentalnego badania przyrody. By³ on miêdzy innymi atomist± - dziêki niemu od¿y³y idee Demokryta. Uwa¿a³, ¿e materia i ¶wiat³o sk³adaj± siê z punktowych cz±steczek. Wyobra¿a³ sobie, ¿e ¶wiat zbudowany jest z niezliczonej ilo¶ci atomów oddzielonych od siebie niezliczon± ilo¶ci± pró¿ni. W swojej pracy "Dialog o dwu najwa¿niejszych uk³adach ¶wiata" Galileusz zawar³ miêdzy innymi podsumowanie swojego pogl±du atomistycznego. Wed³ug niektórych historyków nauki w dziele tym opisa³ atom jako twór niepodzielny, jednak nie maj±cy kszta³tu, pozbawiony w ogóle wymiarów i staj±cego siê w matematycznym ujêciu abstrakcyjnym punktem. Przeczy³o przez to twierdzeniu Demokryta, jakoby podstawowe cz±stki mia³y ró¿ne kszta³ty. Galileusz by³ pierwszym naukowcem w tak szerokim zakresie stosuj±cym metody do¶wiadczalne w procesie poznawania ¶wiata. Niestety eksperymenty nie mog³y mu w wystarczaj±cym zakresie dopomóc w czasie rozwa¿añ nad mikro¶wiatem. Wszystko do czego doszed³ na tym polu zawdziêcza³ do¶wiadczeniom umys³owym i logicznym rozwa¿aniom.

Evangelista Torricelli, ¿yj±cy w latach 1608-1647 - wybitny uczeñ Galileusza analizuj±c zagadnienia zwi±zane z pompowaniem wody i przeprowadzaj±c do¶wiadczenia zastêpuj±c wodê rtêci± udowodni³ wystêpowanie pró¿ni.

Robert Boyle, ¿yj±cy w latach 1627-1691 by³ kolejnym wielkim naukowcem XVII wieku. Przeprowadza³ on liczne do¶wiadczenia. Bada³ zjawisko oporu powietrza , jego ci¶nienie i zmiany objêto¶ci w czasie zmieniania jego ci¶nienia. Odkry³ prawo zale¿no¶ci tych dwu wielko¶ci znane pod nazw± prawa Boyle'a i Mariotte'a (prawo to mimo ¿e do¶wiadczalnie odkryte przez Boyle'a zosta³o sformu³owane pó¼niej przez Mariotte'a). Do¶wiadczenia z ci¶nieniem by³y wskazówk± dla pó¼niejszych naukowców zajmuj±cych siê badaniem struktury powietrza. ¦wiadczy³y one o tym, i¿ sk³ada siê ono z oddzielnych, poruszaj±cych siê atomów pozostaj±cych w znacznej odleg³o¶ci od siebie. Dziêki takiej strukturze powietrze mo¿e w znacznym stopniu zmieniaæ swoj± objêto¶æ. Ci¶nienie, które bada³ Boyle jest spowodowane ruchem cz±steczek, które zderzaj± siê z innymi przedmiotami dzia³aj±c na nie pewn± si³a. Gdy zmniejsza siê objêto¶æ powietrza liczba zderzeñ przypadaj±cych na jeden centymetr kwadratowy wzrasta (co pokaza³y pó¼niejsze badania Bernoulliego). T± zale¿no¶æ odkry³ w³a¶nie Boyle na drodze do¶wiadczenia. Boyle mia³ tak¿e wiele innych osi±gniêæ na polu badañ struktury mikro¶wiata. Zaprzeczy³ powszechnie uznanemu twierdzeniu, ¿e w sk³ad wszystkich, tak¿e i ¿ywych, cia³ wchodzi rtêæ (wyhodowa³ ³odygê fasoli w naczyniu z czyst± wod±). Szuka³ podstawowych sk³adników materii. W tym celu stara³ roz³o¿yæ ró¿ne substancje na cia³a prostsze. Gdy jaka¶ substancja nie da³a siê dalej rozk³adaæ nazywa³ j± "cia³em prostym". Wszystkie inne rzeczy mia³y siê w³a¶nie sk³adaæ z tych "cia³ prostych". Dawne cztery pierwiastki Arystoteles zosta³y przez Boyle'a zast±pione "cia³ami prostymi", których liczby nikt nie zna³. Z powodu takiego skomplikowania wizji ¶wiata wiêkszo¶æ uczonych tej epoki sta³a w opozycji do jego tez. Innym twierdzeniem Boyle'a by³o uznanie istnienia nieuchwytnej substancji ognistej - "materii ognistej". Substancja ta mia³a w czasie spalania ulatywaæ w postaci ognia. Jej obecno¶æ mia³ siê tak¿e przejawiaæ w postaci rdzy i ¶niedzi.

Antonie von Leeuwenhoek, holenderski naukowiec ¿yj±cy w latach 1632-1723 w roku 1670 skonstruowa³ pierwszy mikroskop.

Isaak Newton, najwiêkszy z fizyków XVII wieku ¿y³ w latach 1643-1727. Oprócz innych licznych osi±gniêæ fizycznych, matematycznych i astronomicznych, naukowiec ten zajmowa³ siê tak¿e badaniem mikro¶wiata. Tak jak wcze¶niejsi badacze Newton uwa¿a³, i¿ materia jest zbudowana z atomów. Potwierdzeniem ich istnienia mia³y byæ jedynie do¶wiadczenia umys³owe. Twierdzi³, ¿e ¶wiat³o jest tak¿e z³o¿one z pewnego rodzaju atomów. Promienie s³oneczne mia³y byæ w³a¶nie strumieniem takich cz±steczek. Oddzia³ywanie pomiêdzy dwoma cia³ami uwa¿a³ za oddzia³ywanie pomiêdzy poszczególnymi atomami wchodz±cymi w ich sk³ad. Wiele uwagi Newton po¶wiêci³ zagadnieniu oddzia³ywania na odleg³o¶æ. Przez d³ugi czas rozwa¿a³ istnienie eteru, który jako idealny niematerialny o¶rodek mia³ przenikaæ ca³± przestrzeñ, umo¿liwiaj±c kontakt pomiêdzy dwoma cia³ami. Eter jednak musia³ byæ równie¿ zbudowany z cz±steczek, co rodzi³o liczne logiczne sprzeczno¶ci.

    Wiek XVII ca³kowicie zmieni³ pogl±dy na strukturê i prawa rz±dz±ce Wszech¶wiatem. Dokonano licznych odkryæ astronomicznych i osi±gniêæ na polu matematycznym. Jednak najszybciej rozwija³a siê fizyka, która wykorzystywa³a now± matematykê. Odkrycia Newtona stworzy³y zupe³nie nowy ¶wiatopogl±d, który bez znacz±cych zmian utrzyma³ siê, a¿ do pocz±tku XX wieku. Równie¿ po 1500 latach prawie ca³kowitego zapomnienia, od¿y³y atomistyczne koncepcje Demokryta. Udowodniono istnienie pró¿ni (Torricelli). Rozwijano atomistykê. Jednak¿e ca³y czas nie zosta³o ostatecznie stwierdzone czy atom istnieje, czy nie - do¶wiadczenia Boyle'a mog³o byæ tylko po¶rednim dowodem. Osi±gniêcia atomistów XVII wieku by³y w wiêkszo¶ci czysto umys³owe - nie mogli oni przecie¿ zastosowaæ sprzêtu badawczego, aby poznaæ zasady rz±dz±ce mikro¶wiatem. Niektórzy (tak jak Boyle) stosowali w pewnym zakresie do¶wiadczenia w celu poznania praw rz±dz±cych materi±. W okresie tym zaczêto tak¿e konstruowaæ przyrz±dy eksperymentalne dziêki którym nauka mog³a poznawaæ miejsca do tej pory dla niej nie dostêpne - na przyk³ad skonstruowanie pierwszego mikroskopu (Leeuwenhoek).