オメテペに見つかった岩にかかれた絵. ニカラグアの古い様子をあらわす. 1852. Image is in public domain.

スペインルールは奴隷としてつれていかれた者や征服者達が持ってきた 大陸病により死亡せずに残ったインディアンたちに強制された。西部だけでスペイン人によりどう 制服期間内において数万人が無くなったと想定される。　さらに調査によれば５０万人以上が 奴隷としてペルーやパナマに送られた。ほとんどの奴隷達は劣悪なコンディションの為に輸送中或いは 現地に就いてから１〜２年以内に死亡したと言われている。多くの人達が絶滅されたとされるがいくらか の人は生き延びた。

このドラスティックな人口の激減はスペイン人が現地を統制変化を託す主要因と はならなかった。征服者がくる前においてはインディアン達はカシケ（村の親分でスペイン人達は彼を 金などの採掘に際して奴隷を統制する為に利用した。）のもとトウモロコシ、豆、胡椒、カボチャなどの 農産物を労働集約的に栽培していた。一般のインディアンは年貢としてカシケに農産物を納め残りは家族 で食べるが市場で販売した。しかしながら奴隷制度により農業人口が激減し農作地は再びジャングル化し 人が住めないようになっていった。又、スペイン人も彼等に金、銀、木材、牧畜等スペイン本国或いは 他の植民地に輸出する為の産業を数百年に渡って行われてきた主要穀物農業に変わって強要してきた。　 又、スペイン人と比較してかなりの数に昇ったインディアンもこれら産業に労働力の提供を行ってきた。 これらの行為自体は極めて悪い状況であったわけではなくそうであったのはこれらの富の大部分がわずかな 白人のみを裕福にし彼等自身の手に渡らなかったことにある。

征服者がその宗教、言葉、習慣を彼等に強 要しようと試みた結果として古来の文化がドラスティックに変わっていった。しかしながら町や多くの アイテム名はニカラグア固有の物が、さらにインディアンの習慣も残されていった。しかしながら宗教に 関してはカトリックが統一的に導入された。新しい町。例えばグラナダ、レオン等はスペイン式の 町として広場、市場、協会、行政府が建設された。

又、征服者は社会システムの中に新しい層を 形成していった。中央アメリカにおける新世界発見以前においては階層制が存在したがスペイン人は その頂点に立つものであった。変化したものといえばどう階層は人種によって決定されたことである。　 スペイン系が異なった最も高いクラスを形成し直系、或いは直系子孫にこれが当たる。その他の貧困層に 関してはスペイン人との血のつながらいの度合いによって分類され彼等はメスティソと呼ばれスペイン人 の父とインディアンの母間に生まれた人物である。彼等は同サブシステム上のトップを形成し土着の ニカラグア人は最下層であった。

５２６ー１８２１年間はニカラグアはスペインによって統治され同植民地であった。

ニカラグア湖とモンバチョ火山1800年ごろ. ニカラグアの昔の様子を絵に書いた. 1852. Image is in public domain.

ペデュラリアス　ダビラは１５３１年死亡するまで初期に統治した。　 まもなく統治者間において抵抗と市民戦争が勃発しニカラグアはグアテマラ総督府に合弁された。 しかしながら実質はスペイン副国王が掌握した形となっていた。その結果として多くの開発と資金の導入 がグアテマラに行われ中央アメリカ独自に発達をとげていった。

イギリスの海賊がカリブ沿岸を荒らして はいたものの概ね平和と繁栄を同期間享受していた。１７００年の間イギリスはミスキートと同地域を 統治していた間アメリカのグループがスペイン支配に介入しだした。同世紀中頃から終わりにかけて モスキーと海岸（カリブ側）はイギリスの独立地として考慮されていたがアメリカ独立運動の期間である １７７５ー１７８３年にニカラグアは戦争を挑み敗北によりさらにイギリス支配は強固になった。