Los antropólogos no saben ciertamente cuantos Indios vivieron en California antes de la llegada de los Europeos, pero se calculan en 130,000 a 350,000; otros antropólogos calculan hasta un millón. La gente Ohlone vivieron en el área que ahora cubre aproximadamente los Condados de San Francisco, Alameda, Contra Costa, San Mateo, Santa Clara, Santa Cruz, San Benito y Monterey.

En los años 1700, los Españoles, Ingleses, Rusos y Franceses competían por reclamar territorio en el Nuevo Mundo y obtener control sobre sus recursos naturales. España reclamó los territorios que ahora son llamados Centro América, México y el sur-oeste de los Estados Unidos, incluyendo mucho de California. En 1769, Carlos III, Rey de España, envió a Junipero Serra, un sacerdote Franciscano, y a Gaspar de Portola, un comandante militar, para guiar una expedición para establecer misiones en lo que es ahora California. Las misiones fueron establecidos por razones religiosas y razones políticas. El plan misionero fue enseñar a la gente nativa a como ser "civilizado," por ejemplo: evitando el desnudo, comiendo con utensilios, y más importante, adoptando la religión Cristiana. Los misioneros creyeron que, por medio del bautismo, les salvaban las almas paganas previniendo ser puestas en el infierno por la eternidad. La idea original fue que, despues de que vivieran diez años en las misiones, los Indios llegarían a ser ciudadanos de España (aunque esto nunca pasó). La esperanza era que estos ciudadanos entonces protegieran las nuevas tierras territorriales para España.

La misiones fundadas en el territorio Ohlone fueron: Misión San Carlos Borromeo (1770), Misión San Francisco de Asís (Dolores) (1776), (Misión Santa Clara de Asís (1777), Misión Exaltación de la Santa Cruz (1791), Misión Nuestra Señora de Soledad (1791), Misión Gloriosísimo Patriarca Señor San José (1797), y Misión San Juan Bautista (1797). Miles de nativos de la costa central de California fueron bautizados y llevados a vivir a estas misiones. Una vez bautizados, los nativos, por la ley, tenían que transferir sus derechos a los misioneros y totalmente obedecer su voluntad (pero eso no les fue hecho aclarado a los nativos). A los Indios bautizados no les fue permitido dejar las misiones y si lo hacían, ellos eran forzados por los soldados a regresar. Si ellos trataban de escapar otra vez, ellos eran castigados a latigazos o encadenados.

Después de ser bautizados los nativos, les fueron dados nuevos nombres en Español y les fue prohibido de hablar en sus propia lengua o practicar su propia religión. Sus actividades diarias eran controladas y estrictamente supervisadas. Las mujeres Indias solteras eran protejidas de los hombres indios en condiciones como prisioneras. La mujeres fueron instruídas para maquilar hilos y tejer telas, lavar las ropas, y preparar alimentos. Los hombres fueron requiridos a preparar la tierra, plantar, leventar la cosecha y aprender herrer a. Los Indios fueron instruídos a (como preparar cuero (piel de animales), hacer jabón, producir aceite de olivo y hacer bloques de adobe para construir edificios para la misión.

Antes que los Españoles llegaran, habían cerca de 10,000 Ohlones. En los 40 años después de la llegada de los Españoles, un estimado de 8,000 Ohlones murieron como resultado de la intrusión Española. Los Indios adquirieron enfermedades Europeas como sarampión, cólera, paperas, influenza y enfermedades venéreas, las que sumaron por un 60% de las muertes en las misiones. Tambien, ellos murieron de malnutricion y ocasionalmente por muertes violentas.

En los años de 1820, Mexico ganó su independencia de España, California se convirtió en territorio Mexicano, y los nativos Californianos se convirtieron en ciudadanos Mexicanos. El gobierno Mexicano tomó control de las misiones. Algunos Indios dejaron las misiones y otros se quedaron. En aquel tiempo, el gobierno Mexicano entregó largas áreas de tierra llamados ranchos. Uno de esos, Rancho San Pedro, fue dado a Francisco Sánchez en 1839. El usó la mano de obra de los Indios Ohlone para construir su Adobe Sánchez, una casa grande de rancho. Esta fue construida en el sitio de una asistencia antigua de Misión Dolores, que suplía alimento a la misión. Las excavaciones arqueol gicas demostraron que este mismo sitio había sido una villa Ohlone, por centurias antes que los Españoles llegaran al área de la bahí a de San Francisco.

En 1848, California se convirtó en territorio de los Estados Unidos. Ese mismo año, oro fue descubierto en California. Gente de alrededor del mundo, y especialmente Anglos de los Estados Unidos, vinieron a California en busque de oro y de buscar una vida mejor. Algunos Anglos miraban a los Indios como una plaga, un estorbo, una fuerza de trabajo para ser explotada. La ley de California decían "...en ningún caso un hombre blanco será convicto de ninguna ofensa, bajo testimonio de un Indio." A los Indios no les fue permitido testificar en corte, lo que significaba que un blanco podía asesinar a una persona India y basicamente el crimen quedaba impune (sin castigo).

De 1850 a 1863, la ley del estado de California permitió a los políticos contratar Indios encarcelados por mendigar or ser "inmorales."Aunque California fue considerado un estado libre, esta era una forma de esclavitud. Adicionalmente, los niños Indios eran secustrados para uso de trabajo esclavizante. Alguna veces los padres eran asesinados primero para que los niños quedaran indefensos y pudieran ser tomados facilmente.

En 1853 - 1857, las primeras reservaciones Indígenas fueron establecidas. Los tratados originales entre los Indios y el gobierno federal del los Estados Unidos prometieron 7.5 millones acres de tierra Californiana a los Indios, pero sólamente recibieron un poco más que 500,000 acres. Muchas rancherías o pequeñas aldeas fueron dados a los Indios por el gobierno. Las reservaciones y rancherías dados eran en tierras infértiles o terrenos montañosos. En esos precisos momentos, ni reservaciones o rancherías fueron dados a los Indios por el gobierno en territorio Ohlone (aunque ahora existe uno).

Los Europeos tuvieron un gran impacto en el medio ambiente y forma de vida de los Ohlone. Sus animales domésticos destruyeron mucho de la tierra con pasto. La cacer a del oso grizzly, la utilizaci n de pantanos para campos de agricultura, y la matanza de manadas de alces tuvo un impacto negativo en el medio ambiente. Verjas fueron levantadas por todos los lugares para dividir territorios y fuentes naturales usados cada día por los Ohlone, ya no eran accessibles.

Por la opresión, los Indios aguantaban de los blancos, los Ohlone y otros Indios se retiraron a pequeñas aldeas isoladas; una de estas era una ranchería con el nombre Alisal sur del pueblo de Pleasanton. Llegó a ser peligroso ser un Indio. Para protejerse de atitudes antí-Ind genas, algunos Indios negaban ser Nativo Americano declarando que ellos eran descendientes de Hispanos, Negros, o Orientales sólamente. El último Ohlone que habló la idioma muri en 1917 y el último Ohlone puro murió en 1968.